評議員会（社員総会）
理事会 常任理事会 事務局
部会 分科会 管理委員会 研究部門
部会・分科会
第1部会
第１分科会：予防医学、保健医療、統合医療、未病管理、セルフメディケーション
第2部会
第２分科会：外科、整形外科、形成外科、リハビリテーション、理学療法、作業療法等
第３分科会：脳神経外科
第４分科会：内科（総合内科、糖尿病、神経内科、腎臓・内分泌・代謝内科等）
第５分科会：リウマチ・膠原病科
第６分科会：心臓血管循環器科
第７分科会：消化器科
第８分科会：呼吸器科
第３部会
第９分科会：精神神経科
第10分科会：皮膚泌尿器科
第11分科会：耳鼻咽喉科
第12分科会：産婦人科
第13分科会：眼科
第４部会
第14分科会：内視鏡科
第15分科会：放射線治療科
第16分科会：歯科・口腔外科
第17分科会：看護科
第18分科会：環境医学科
第19分科会：遠隔医療科
第20分科会：総合診療科
第５部会
第21分科会：医療機器・放射線医療機器
第22分科会：薬学、栄養学
第23分科会：疫学、感染症学
第24分科会：医療情報
第25分科会：臨床カウンセリング
第26分科会：臨床医学情報
第6部会
第30分科会：医療制度、介護制度、医療福祉政策
第31分科会：医療経営、病院管理、リスク管理、病院M&A
第32分科会：病院会計、医療法人会計、経営会計
管理委員会
総務委員会/ 倫理審査委員会（2021年4月1日より総務委員会より独立）/広報委員会/ 財務委員会/ 情報統計委員会/ 臨床医学情報普及委員会/ 認定委員会/総合委員会
研究部門
臨床医学情報研究部門/電子カルテ研究部門/ 医療制度研究部門/ リスク管理研究部門/ 医療経営会計研究部門/ 統合医療研究部門/臨床カウンセリング研究部門/ 総合研究部門